有关先天性后鼻孔闭锁的致畸学说较多，现介绍几种如下：
颊鼻膜胚胎性残留学说
胚胎第6～7周时，位于原始鼻腔与原始口腔间的间隔—颊鼻膜应自行吸收破裂而形成原始后鼻孔，如此膜所含间质组织较厚，未能吸收、穿透，则形成闭锁间隔。间质组织内有来自鼻中隔和腭突的细胞成分的掺入。视其掺入的量不同而闭锁隔的性质各异：掺入量小，闭锁隔可为膜性;若较大，则可形成混合性，甚至为厚实的骨性。这是目前较为认同的先天性后鼻孔闭锁形成学说。
颊咽膜上端未溶解学说
胚胎第4周时颊咽膜溶解破裂，原口与前肠相通。因颊咽膜的上端在腭平面以上，若不溶解吸收则可发展为先天性后鼻孔闭锁。
骨性后鼻孔异常发育学说
蝶骨体及其翼突内侧板、犁骨后缘及犁骨翼、腭骨水平部共同围成后鼻孔。若上述各骨过度增生，可形成既有软骨又有骨质的混合性闭锁，其中软骨部分可能来自腭骨。
上皮栓块演化学说
认为于胚胎期后鼻孔出现后，其一侧或两侧为上皮栓块所堵塞，后者逐演化发展为膜性或骨性闭锁。
鼻突和腭突异常发育学说
认为该病系因环绕颊鼻膜的鼻突和腭突区异常发育所致。