凡新生儿有周围性呼吸困难、紫绀和哺乳困难时，就考虑本病。检查发现每当张口啼哭或行压舌检查时呼吸困难立即缓解，患侧前鼻孔内充满黏液无气泡。由于患侧鼻腔流出的鼻涕刺激鼻翼及上唇等处而出现皮肤发红或湿疹。较大的患儿可出现硬腭高拱及上列切牙不齐。纤维鼻咽镜检查可边吸引分泌物，边观察后鼻孔情况，从而明确后鼻孔闭锁的存在，而且可以排除先天性鼻内型脑膜脑膨出、鼻息肉、腺样体肥大、鼻咽肿痛、异物、疤痕性狭窄及鼻中隔偏曲等造成鼻阻塞的原因。鼻腔螺旋CT检查可明确闭锁隔的性质(膜性、骨性或混合性)，以指导临床治疗。
先天性后鼻孔闭锁需与以下疾病相鉴别：
1.后天性后鼻孔闭锁：病因为后鼻孔附近曾患有结核、梅毒、硬结病等感染性疾病，以及曾遭受意外重伤或行腺样体手术，愈后瘢痕形成闭锁，所以皆为膜性闭锁。检查发现：闭锁膜的形状不如先天性后鼻孔闭锁者规则光滑，亦非仅局限于后鼻孔处。
2.此外，应与之鉴别的疾病有：后鼻孔息肉、后鼻孔或鼻咽部肿瘤、局部炎症或异物、腺样体肥大、先天性鼻咽部闭锁、脑膜脑膨出、先天性小颌畸形等。纤维鼻咽镜检查及鼻咽部CT或MRI检查有助于上述疾病的鉴别诊断。