(一)治疗
目前尚无根治AIDS的特效药，但通过积极的治疗，AIDS病人的存活时间可明显延长。AIDS并发消化系统损害的治疗包括治疗AIDS本身及治疗消化道并发病。
治疗AIDS包括：
1.抗病毒治疗，按照抗病毒药物的不同作用机制，联合使用两种或两种以上不同的抗病毒药物进行治疗，即高效联合抗病毒治疗(HAART)也称鸡尾酒疗法，是目前推荐的方法。HARRT治疗AIDS已经取得了一定效果，在推广应用HAART地区的病人，存活时间明显延长，病死率明显降低。但抗病毒治疗也带来了诸如有严重并发症、个体用药剂量差别大、易耐药以及治疗费用昂贵等问题。
2.提高免疫功能、加强营养、支持治疗。
3.对症处理，发热、消瘦、出血、腹泻等的处理。
消化道并发症的治疗包括治疗消化道肿瘤与消化道的机会性感染。治疗肿瘤可考虑手术治疗、放疗、化疗等。机会性感染主要根据不同的病种，选用不同的药物，如抗病毒药、抗真菌药、抗结核药、抗生素等。
(二)预后
HIV一旦进入人体，目前还没有办法将之从体内清除，且AIDS病人的最终病死率几乎100%。