主要致病的革兰氏阳性厌氧球菌是消化球菌和消化链球菌，这些球菌是口腔、上呼吸道和大肠中正常菌群的组成部分。主要革兰氏阴性厌氧杆菌有脆弱拟杆菌、产黑色素拟杆菌和梭状拟杆菌。脆弱拟杆菌族是正常大肠内菌群的一部分，包括从腹腔内感染最常分离得到的厌氧致病菌。
某些厌氧菌具有独特的毒力因子，脆弱拟杆菌可能因为有这种毒力因子。尽管在正常菌群中这种细菌相当罕见，但常能从临床标本中分离出来。该菌的多糖体包膜似乎能促使脓肿形成。腹腔内脓毒症实验性模型显示单独脆弱拟杆菌能引起脓肿，而其他拟杆菌需有兼性菌的协同作用才能引起脓肿形成。梭状拟杆菌的强力内毒素是另一种毒力因子，由该菌引起的伴有严重咽炎的脓毒性休克与此毒力因子有关。