本病病机是正气不足疫毒内侵，本虚标实，以正气不足为焦点。治疗应扶正为主，调动机体抗病能力，提高机体的免疫功能，尤其是调补脾、肾、肺三脏更具有重要意义。但又要抑制或消除致病因子、排除病理产物。所以辨证论治和辨病论治相结合为治疗的一个基本原则。
辨证论治：根据本病初起多以实为主，继而疫毒伤脏，以虚为主。当出现以病理产物时则又虚实夹杂等不同病机变化，分为如下几型。
(一)邪伤正气证.方药用银翘散合玉屏凤散加减。药用金银花、连翘、板蓝根、桔梗、川贝、牛蒡子、蒲公英、天花粉、防风、白术、人参、甘草。若兼有手足心热、低热、干咳等加生地、麦冬、知母、玄参;如兼高热、神昏以白虎加人参汤合用。
(二)邪热蕴肺证.方药泻白散合麻杏石甘汤加减。药用黄芩、桑白皮、知母、鱼腥草、瓜蒌、川贝、苏子、橘红、石膏、杏仁、天竺黄。如痰涎盛者加半夏、胆南星等。
(三)热陷营血证.方药犀角地黄汤合清瘟败毒饮加减。药物用水牛角(代犀角)、羚羊角、生地、赤芍、丹皮、丹参、栀子、连翘、金银花、玄参、黄芩、紫草、石菖蒲、石膏等。如神昏、惊厥、抽搐等，可选用成药“三宝”服用。
(四)脾胃虚弱证.方药六君子汤加减。药用黄芪、党参、白术、山药、茯苓、黄精、柴胡、陈皮、砂仁、当归、甘草等。如心悸者合归脾汤加减，如久泻不止、腹痛者加制附子，白术改为焦白术等。
(五)肾精不足证.方药六味地黄丸合河车再造丸加减。药物用牛膝、紫河车、生熟地、天门冬、麦门冬、阿胶、龟板、别甲、白芍、五味子、肉苁蓉、玄参、山萸肉、丹皮等。如低热、干咳、咽痛者加重养阴润肺之品;如形寒肢冷、小便频数加附子、肉桂、巴戟天。
(六)肝肾阴虚证.方药六味地黄丸合二至丸加减。药物用生熟地、山萸肉、泽泻、丹皮、麦冬、鳖甲、枸杞子、酸枣仁、菊花、知母、当归、旱莲草、女贞子等。如眩晕欲仆合镇肝熄风汤加减。
(七)气阴两虚证.方药黄芪生脉饮加减。药用黄芪、党参、麦冬、五味子、知母、炒白芍、地骨皮、女贞子等。如咳嗽、气短、畏风、肺气虚者可合补肺汤加减。
(八)痰凝血瘀证.方药桃仁四物汤加减。药用桃仁、赤芍、川芎、水牛角、南星、半夏、山慈菇、夏枯草、乳香、没药、牡蛎、贝母、党参、蜈蚣、桔梗、白芥子、竹茹等。如体质弱者可合用补气、滋阴、养血之品。
治疗:
HIV/AIDS肺部各种病原体感染治疗参见各相关章节，其抗微生物治疗与一般患者基本相同，但应注意HIV/AIDS者抗感染化学治疗时毒副反应发生率较高且严重，应密切观察和防范。抗HIV治疗需参照CD4 和病毒含量。若CD4 <500/μl 和病毒含量每毫升>500拷贝者有治疗指征;CD4 >500/μl和病毒含量>500拷贝者是否治疗尚无统一意见，若病人合作则可以治疗;CD4 <200/μl而病毒含量低于可检测水平者，不治疗，定期复查。最常用治疗方案是两种核苷酸反转录酶抑制剂(NRTIs)和一种蛋白酶抑制剂 (PI)，见表5。
预后:
HIV感染者无症状期可达10年以上。进展为AIDS者病死率很高。平均存活期为12～18个月。同时合并KS及PCP者病死率最高。1年病死率为50%，三年病死率为80%，病程5年几乎全部死亡。