脑海绵状血管畸形的治疗方法主要分为保守治疗和手术治疗。
(一)保守治疗
一般来讲，对于无症状、较小及位置表浅的海绵状血管畸形，可采取CT和MR随访下保守治疗，包括药物控制癫痫发作等。
(二)手术治疗
手术切除病变是根本的治疗方法，它的治疗指征仍没有统一。无框架立体定向导航下的微创手术治疗是目前手术治疗脑海绵状血管畸形的最佳选择。对于非功能区的表浅病变，如果病灶反复出血而逐渐增大或癫痫反复发作而药物控制不满意，可采取手术治疗。位于功能区和脑深部(如脑干)的病变，若术前已有神经功能障碍，可考虑手术治疗。未出血或偶然发现的病变，应根据病变的部位和大小权衡手术治疗是否会带来新的并发症或功能缺陷，然后再决定是否手术。
放射治疗(包括立体定向放射外科)对本病的效果仍存在争议，目前多数意见认为本病对放射治疗不敏感。