根据流行区具体情况，因时因地制宜进行防治。采取以灭螺与普治患者、病畜为重点，结合粪便与水源管理及个人防护的综合性措施。
1.控制传染源 在流行区进行普查，对患者与病牛进行大规模同步治疗。应用吡喹酮扩大化疗以控制血吸虫病流行，可使患者数大幅度下降，这是整个防治工作中重要的一环，尤其在湖沼地区与山区经过连续3年后将有显著成效。耕牛血吸虫病可采用硝硫氰胺混悬液1.5～2 mg/kg体重，一次静脉注射有良好疗效。
2.切断传播途径 灭螺前首先应查清螺情，建立螺情图，为提供灭螺规划的依据。在水网地区可采取改变钉螺滋生环境的物理灭螺如土埋法等。在湖沼地区可采用筑坝、围垦、种植的方法。在居民点周围建立防螺带等。化学灭螺可结合物理灭螺进行，采用氯硝柳胺等杀螺药物，并可制成缓释剂，延长其灭螺的效果，但目前大多数灭螺剂虽然对农作物与人畜无害，但对鱼类有毒，应防止其水源污染。
粪便管理：防止人粪与畜粪污染水源，并经过处理使之无害化，如采取粪尿1∶5混合后密封、沉淀发酵，夏季贮存3～5 天，冬季7～10天，可杀死血吸虫卵。此外，在农村采用沼气粪池，应大力推广。
水源管理：保护水源不受污染。提倡用清洁水，或将河水贮存3天后使用。必要时用含氯石灰，每担水(约50kg)加1g，消毒15min后即可使用。
3.加强个人防护，保护易感人群
(1)关键在于宣传教育。引导人们重视自我保护，在流行区尽量避免与疫水接触，例如严禁儿童在河沟中戏水。湖沼地区因收割捕捞，打湖草等必须接触疫水时，应采取个人防护措施，以脂肪酸为基质，加碱皂化后，掺入氯硝柳胺(2%)和松节油制成防护剂，有杀死尾蚴作用。1%氯硝柳胺碱性溶液浸渍衣裤对尾蚴也有预防作用。
(2)预防性服药：青蒿素衍生物蒿甲醚(artemether)和青蒿琥酯(artesunate)能杀灭5～21天的血吸虫童虫。蒿甲醚用法：在接触疫水后15天服用1次蒿甲醚(每次6mg/kg)，以后1次/15 天，连服4～10次。青蒿琥酯用法：在接触疫水后7天服用1次青蒿琥酯(每次6mg/kg)，以后1次/周，连服8～15次，可有效地预防血吸虫感染。据1996～1998年间曾在江西、安徽、湖北三省推广应用青蒿琥酯，预防服药近20万人群，其保护率达88.2%～100%;蒿甲醚也曾在上述地区应用2000多人(1994～1996)，其保护率也达60%～100%。