对肾脏交叉异位发生的确切原因尚不清。Wilmer认为可能是脐动脉的异常产生一种压力阻碍了肾脏向头侧迁移，从而转向阻力较小的对侧。Poter等人认为是输尿管芽游走到了对侧的缘故。Cook和Stephens则推测胚胎在发育过程中其尾侧发生异常的转位，从而引起泄殖腔及Wolffian管结构的位置发生异常，可能是一侧输尿管芽跨过中线进入对侧中肾胚基，或在肾上升过程中肾脏和其输尿管转位到对侧。后肾组织的融合发生在其仍在真骨盆内并在其向头侧移位之前或同时发生，或在其上升的后期发生。融合的程度取决于发育的肾原基相互之间的靠近程度。