本病一般发生于肿瘤、慢性消耗性疾病及大手术后应用抗生素的过程中，大多数起病急骤，病情发展迅速。发病时间最早的可在开始用药后几小时，但也可在停药后3周左右，约有20%的患者在停抗生素后2～10天内起病。
1.发热 10%～20%的病人发热、白细胞升高，个别的可呈现类白血病反应样血象。轻型患者多呈中等发热，重型病人可出现高热。
2.腹泻 是本病突出的症状。由于黏膜炎症及外毒素刺激损害了病变肠管的吸收功能，影响肠道对肠内容物的吸收使肠壁向肠腔内分泌的水、钠增加，液体渗入肠腔造成大量肠液积聚引起腹泻。腹泻的程度取决于细菌的数量、毒力的大小以及患者的抵抗力。轻者一天数次稀便或十数次水样便，停用原使用的抗生素，投有针对性的药物后可治愈;重者出现严重的腹泻，排出有腥臭味脓性黏液血便，每天可多达20～30次，每天排便量可达4000ml，甚至多达10000ml。粪便中时有血或斑块样假膜出现，曾有报道一例重症患者便出60cm长的假膜管型。感染金黄色葡萄球菌往往是草绿色水样便，难辨梭状芽孢杆菌可为黄色蛋花样稀水便。如出现中毒性肠麻痹不能排除积聚在肠腔内的大量液体，腹泻次数反而减少，但病情变得更加严重。
3.腹痛、腹胀 在炎症及肠液毒素的刺激下肠管呈痉挛性收缩从而引起不同程度的腹痛，重者可很剧烈伴有早期的肠鸣音亢进。肠管蠕动功能紊乱后，不能有效地排空积聚肠内的液体和气体导致腹胀。假膜性肠炎是在频繁腹泻的同时出现腹胀而不同于一般的腹泻。严重者可有典型的中毒性巨结肠症症状，重者有腹痛、腹胀、肠型、全腹肌抵抗和压痛、肠鸣减弱或消失。有肠坏死、穿孔者出现弥漫性腹膜炎，全腹肌出现明显的抵抗、压痛反跳痛，腹胀更为明显，全身的中毒症状更加重，以致陷入感染中毒性休克。有的患者出现腹水。
4.毒血症和休克 是重症患者晚期的表现。大量毒素吸收后出现食欲明显减退、高热、心动过速、精神萎靡、谵妄、定向力差、意识障碍、呼吸深促、手足发凉、血压不稳等，最后导致肝、肾功能不全而陷入不可逆性休克。个别患者起病急骤，主要表现为高热、严重腹胀、呕血、便血，数小时内出现休克、死亡。
中医学把本现分为四型：
1、霉热炽盛型：因湿热较重，调治失宜，湿热蕴毒，以致湿霉热邪互结，壅滞中焦、清浊不分，泄泻无度，霉热入于血分。症见高热、烦渴、衄血、尿短赤、倾泻暴注、下痢色清或蛋花样稀便。甚则热闭于内，耗精灼液，四肢逆冷、神志昏糊，舌质红，脉弦数或细数。
2、热盛阴耗型：因患者素体阴亏，或于产后、术后气血两伤，湿霉热邪久羁，阴血耗伤。又因大泻之后多亡阴，致使阴虚之体日衰，毒热之象日著，正虚而邪实，病情危笃。症见高热不良日晡潮热，口干欲饮或不欲饮，颧红，五心烦热，尿短赤，便稀泄泻频作，舌质红，脉数。
3、脾虚湿盛型：因素体脾虚，湿浊困脾，运化失职，水趋大肠，不能分别水谷，而成泻。再加湿浸淫，调治失宜，不但耗伤胃阴，而且损及脾阳，以致脾虚湿盛、清浊不分。症见面色苍白，神疲懒言，食少纳呆，口渴不欲饮，或见畏寒怕冷，浮肿，腹泻，稀便频作，舌苔白，脉沉细。
4、脾肾虚衰、阳虚欲脱型：因倾泻无度，必多亡阴，阴竭则阳无依附，致使阴绝阳脱。症见形体消瘦、四肢逆冷、畏寒倦卧、腹胀腹痛，泄泻直下，肛门外翻，甚者舌倦囊缩，脉微欲绝。
大手术、长期大量使用抗生素、严重慢性疾病或高危患者在疾病恢复过程中突然出现发热、腹泻、排出绿色海水样或蛋花样水便应首先想到本病。恶性肿瘤的化疗期间和胃肠道恶性肿瘤的大手术之后的发病率更高。如将大便涂片作革兰染色发现阳性球菌大量增多，而阴性杆菌减少则诊断基本可以确定。非典型病例因缺乏大便的典型表现，常造成诊断上的困难。对手术或使用抗生素而发生腹泻的病人应重复进行大便涂片检查，观察球菌和杆菌的比例变化，必要时作结肠内镜检查。如有条件用双酶梭状芽孢杆菌抗毒素中和法测定大便有无难辨性梭状芽孢杆菌毒素的存在，可以帮助诊断。
北京协和医院对本病制订了诊断标准：①腹泻前有某些抗生素使用史;②有典型的临床表现如腹泻、腹胀、发热、白细胞计数增加，严重时有便血、中毒性肠麻痹、肠穿孔、中毒性休克;③粪便细菌学分离，鉴定有难辨梭状芽孢杆菌;④粪便过滤液或分离菌株培养的过滤液有毒素，在组织培养中具有细胞病理效应，且能被难辨梭状芽孢杆菌抗毒素或污泥状芽孢杆菌抗毒素所中和。
