肠系膜上动脉栓塞或血栓形成都造成缺血，故两者的大多数临床表现相同。病人以往有冠心病史或有心房纤颤，多数有动脉硬化表现。在栓塞病人有1/3曾有肢体或脑栓塞史，由于血栓形成的症状不似栓塞急骤，仅少数病人在发病后24h内入院，而栓塞病人90%在1天以内就医。
剧烈的腹部绞痛是最开始的症状，难以用一般药物所缓解，可以是全腹性也可是脐旁、上腹、右下腹或耻骨上区，初期由于肠痉挛所致，其后有肠坏死，疼痛转为持续，多数病人伴有频繁呕吐，呕吐物为血水样。腹痛的性质、部位及病程演变的过程与其他急腹症的发作形式有许多相同之处，因其缺乏明显临床特征，发病率仅占肠梗阻病人总数的0.23%～0.7%，因此临床医生常对此病认识不足，误诊率高。直至晚期出现腹膜刺激和中毒性休克时，虽经积极治疗但由于内环境已严重失衡而丧失良机。早期，腹部多无固定压痛，肠鸣音活跃或亢进，易误诊为其他疾病。在发病6～12h后，患者就可能出现麻痹性肠梗阻，此时有明显的腹部膨胀，压痛和腹肌紧张、肠鸣音减弱或消失等腹膜炎的表现和全身性反应。在发病初期出现消化道出血表现，患者呕吐物常为一种不含凝血块的暗红色胃肠液和排出血水样便，是由于急性肠系膜动脉闭塞使肠壁缺血、缺氧、肠黏膜坏死，血浆渗出至肠腔所致。
患者病前如有心脏及动脉栓塞病史，更应高度警惕本病的发生。因此对有心脏及动脉硬化病史，骤发剧烈腹痛，持续加重，一般止痛药无效，同时伴有胃肠道出血应视为急性肠系膜上动脉闭塞的早期征兆。临床称其为急性肠系膜血管闭塞Bergan三联征，即剧烈而没有相应体征的上腹和脐周疼痛，器质性和并发房颤的心脏病，胃肠道排空表现等。但要注意一些老年患者及脑梗死病人对疾病的反应程度和表述能力减弱，应更注重查体的阳性结果和病情的变化。腹腔穿刺抽出血性腹水应考虑肠系膜动脉闭塞的可能。但须与胰腺炎、肠绞窄等疾病鉴别。
有下列几点者应考虑到本病的可能性：
1.风湿性心脏病、心房纤颤、细菌性心内膜炎、心肌梗死及动脉粥样硬化症等。
2.突发腹部剧烈、异常绞痛且呈持续性，并逐渐加重，而体征早期不明显者。
3.腹痛、腹泻伴血水样便和恶心、呕吐者。
4.近期腹部手术后有不典型腹痛、腹胀、血水样便而腹膜刺激征不明显者。彩超和B超检查有助于确诊，而肠系膜血管造影或DSA检查能准确作出诊断，是确诊的金标准。