全甲营养不良型灰指甲的话应当先检查出导致患者发病的致病菌，然后通过药物消灭病菌的方式治疗灰指甲或者是直接通过手术方式治疗灰指甲。若可以通过药物达到治愈目的的话，不建议选择将手术作为首选治疗方式，因为手术创伤口太大，后续护理不当的话容易感染。

全甲营养不良型灰指甲是灰指甲的类型之一，一旦感染灰指甲，患者的指甲就会从甲远端开始病变，继而甲侧缘、甲褶部乃至全甲都会被感染继而发生病变。全甲营养不良型灰指甲就是因为患者的甲板或甲床被真菌侵入后，情况逐渐严重，导致整个指甲变得浑浊、肥厚、变形的情况。针对该类型的灰指甲的治疗，一般需要先将整个坏死的指甲都清除干净，然后再使用合适的抗真菌类药物进行治疗。而清除坏死指甲的常用方式有两种，一是用指甲锉定期打磨灰指甲，大概每两天打磨一次，直至坏甲全部打磨干净，二是直接手术拔除。

手术拔除坏甲的治疗方式比较适合于单发型的指甲，但因为这种方法的创伤面比较大，容易导致患者出血，术后恢复期间也很容易感染，所以目前临床上很少直接进行拔甲治疗。而且如果患者患有心脏病、高血压、糖尿病等疾病的话，也不宜拔甲治疗。此外，在清除病甲治疗治疗期间，患者还应当配合服用特比奈芬片、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物，因为口服药物很难作用于指甲远端，所以可能需要患者连续服用多个疗程才会有显著的治疗效果。

综上所述，全甲营养不良型灰指甲应当先选择合适的方式清除病变指甲，然后再服合适的口服抗真菌药物消除致病菌。一般来说治疗灰指甲的过程是比较漫长的，患者一定要坚持用药，直到完全康复。此外，因为该病比较容易复发，所以患者在日常生活中要注意日常护理。