本病的病因尚不清楚，有自体免疫学说、脑循环障碍说、发育缺陷说等三种学说。

1、自体免疫学说：在克汀病人的血液中被证明有高效价甲状腺抗体;甲状腺功能减退起免疫作用的主要是淋巴细胞，提示B淋巴细胞和T淋巴细胞系统其抗原抗体产生异常。

2、脑循环障碍说：据研究，在甲状腺素不足或缺乏时代谢发生障碍，使脑血流量减少，血管阻力增大，因而氧耗量和葡萄糖耗量都减少，导致脑缺氧和糖代谢障碍，脑水肿可能与精神活动减退有关;心脏和其他器官也出现低氧血症。

3、发育缺陷说：有研究发现，患者脑的蛋白合成和脂肪合成都有异常，并有细胞发育不良和髓鞘形成的缺陷。