开放性脊柱裂的诊断通常并不困难，但需判断属于那一种畸形;背部中央皮肤缺损且神经系统症状严重者，为脊髓裂;若为囊性包块、透光试验阳性、神经系统正常、脊柱X线片仅示脊柱后裂，提示单纯脊膜膨出;反之，则提示脊髓脊膜膨出;若囊性包块偏离中线，神经系统症状较集中于一例，脊柱x线片示中线骨性中隔、半侧椎体、狭窄椎问盘等时，提示半侧脊髓脊膜膨出。
开放性脊柱裂尚须与畸胎瘤、脂肪瘤和皮样囊肿等相鉴别。这类肿瘤扪诊轻坚实，按压不能回纳，透光试验阴性，表面皮肤正常，故鉴别不难;但需注意，这类肿瘤常与脊柱裂合并存在。