卵巢卵黄囊瘤注意与卵巢其他生殖细胞肿瘤如卵巢无性细胞瘤等相鉴别。镜下 卵黄囊瘤具有多种不同的组织学结构，包括：
(1)微囊性结构：又称网状结构，最多见。由扁平或星芒状瘤细胞形成疏松的网状和小囊或微囊结构，低倍镜下似蜂窝状，但高倍镜下瘤细胞的异型性明显，核分裂多见。
(2)内胚窦样结构：又称Schillei-Duval小体。由立方或柱状的瘤细胞呈单层排列，包绕毛细血管、薄壁血窦或小静脉样血管，形成血管套样结构，横切面很像肾小球。虽然这种特殊结构具有诊断意义，但在有些肿瘤形态并不典型，北京协和医院的材料中仅54.2%可找到典型的Schiller-Duval小体。
(3)实性结构：由小的多角形上皮样细胞聚集而成。瘤细胞胞质空，核大，核仁突出;核分裂活跃，类似胚胎癌。
(4)腺泡状结构：又称迷路样结构。扁平、立方或星芒状瘤细胞构成弯曲多变的管道状或囊状结构。
(5)多泡性卵黄囊结构：扁平、立方或低柱状瘤细胞形成大小不等的囊，其间隔以致密的梭形细胞间质或疏松的黏液样间质。这种结构与胚胎发育过程中初级卵黄囊变成次级卵黄囊的结构相似。