西医病因
1.遗传
据统计，20—25%的卵巢肿瘤患者有家族史。近几年来研究发现，Lynch综合征与卵巢癌的发生也是密切相关的。乳腺癌、子宫内膜癌多并发卵巢肿瘤，此三种疾病都对雌激素均有依赖性。
2.内分泌因素
卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢肿瘤多发生于内分泌旺盛的生育年龄。持续性的排卵可使卵巢上皮不断损伤与修复，修复过程中可发生细胞突变，同时也增加了卵巢上皮包涵囊肿形成的机会。临床上很多卵巢囊肿患者和多囊卵巢综合征患者的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。
3.生活方式因素
长期的饮食结构，生活习惯不好、心理压力过大造成体质过度酸化、人体整体的机能下降，免疫功能降低，从而发展为卵巢组织异常增生,终致卵巢囊肿，甚至癌变。
4.环境因素
食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成份。近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的变化，及一部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥、及减缓衰老等的激素类药物及滋补品，使卵巢肿瘤呈高发性、年轻化趋势也有可能有关。
发病机制
1.功能性卵巢囊肿：多随卵巢周期性变化而产生和消失，下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，体内内分泌失调，另外排卵使卵巢表面上皮不断损伤及修复，可以增加包涵囊肿形成的机会。
2.非功能性卵巢囊肿：持续性排卵使卵巢上皮在损伤及修复的过程中，卵巢表面上皮细胞突变可能性增加。未产、不孕，为卵巢癌的危险因素，而多次妊娠、哺乳和口服避孕药有保护作用。同样，应用促排卵药物可增加发生卵巢肿瘤的危险性。
3.卵巢巧克力囊肿：目前此疾病的发生有几种学说：种植学说，经血逆流，妇女在经期时子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血倒流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和盆腔腹膜，在该处生长，淋巴及静脉播散，医源性种植;体腔上皮化生学说，免疫学说，机体免疫力低下，清除盆腔活性子宫内膜细胞能力降低，从而导致内异症的发展。
中医病因
临床上常将卵巢囊肿多归于中医“癥瘕”、“肠覃”等范畴，中医认为本病的发生多因脏腑不和，气机阻滞，瘀血内停，气聚为症，血结为瘕，以气滞、血瘀、痰湿及毒热为多见。
(1)气滞： 七情所伤，肝气郁结，气血运行受阻，滞于冲任胞宫，结块积于小腹，成为气滞症瘕。
(2)血瘀： 经期产后，胞脉空虚，余血未尽之际，房事不节，或外邪侵袭，凝滞气血，或暴怒伤肝，气逆血留，或忧思伤脾，气虚而血滞，使瘀血留滞，瘀血内停，渐积成瘕。
(3)痰湿：素体脾虚，或饮食不节，损伤脾胃，健运失职，湿浊内停，聚而为痰，痰湿下注冲任，阻滞胞络，痰血搏结，渐积成瘕。
(4)毒热： 经期产后，胞脉空虚，余血未尽之际，外阴不洁，或房事不禁，感染湿热邪毒，入里化热，与血搏结，瘀阻冲任，结于胞脉，而成症瘕。
