妊娠试验、胃镜、纤维结肠镜、彩色多普勒超声、MRI、血清肿瘤标记物等，以及个别特殊情况下应用腹腔穿刺、腹腔镜检查、剖腹探查等。
1、腹腔镜检查
可直接看到肿物的大体情况，可观察整个盆腹腔，在可疑部位进行多点活检并吸收腹液进行细胞学检查可确定诊断及术后监护。但对巨大肿块或粘连性肿块患者禁忌施行，也无法观察到腹膜后淋巴结。
2、影像学检查
B超：最简便易行的诊断方法。可检测肿块的部位、大小、形态，提示囊性还是实性，囊内有无乳头，以及鉴别卵巢肿瘤、腹水和包裹性积液等。临床诊断符合率>90%，但直径小于25px不易测出。同时超声多普勒的扫描，能测定卵巢及其新生组织的血流变化，有助于诊断。
腹部平片：卵巢畸胎瘤，可显示骨骼及牙齿，囊壁为密度增高的钙化层，囊腔呈放射透明影。
CT、MRI、PET-CT：可清晰显示肿块，进行定位和定性，良性肿瘤多呈均匀性吸收，囊壁薄，光滑，恶性肿瘤轮廓不规则，向周围浸润或伴腹水，并可了解肝、肺及腹膜后淋巴结有无转移。
盆腔淋巴结造影可判断卵巢肿瘤有无淋巴道转移。
3、宫颈粘液检查和阴道细胞检查，雌激素使宫颈粘液稀薄，拉丝度长，并出现羊齿状结晶，羊齿状结晶越明显、越粗，提示雌激素作用越显着。若涂片上见成排的椭圆体，提示在雌激素作用的基础上，已受孕激素影响。察表、中、底层细胞的百分比，表层细胞的百分率越高反映雌激素水平也越高。
4、基础体温检测，基础体温是指机体在较长时间睡眠醒后尚未进行任何活动时所测得的体温，是维持基本生命活动状态时的体温。由于体温中枢对孕激素极为敏感，因此，排卵后黄体形成，一般体温多在排卵后2-3天上升，少数在排卵日上升。若无排卵，则体温一直持续基础体温。
5、.其次
若囊肿为恶性的卵巢肿瘤，和其他肿瘤一样，能制造和释放抗原，激素及酶等多种产物，这些物质在患者血清中可通过免疫学，生化等方法测出，称为肿瘤标志物，提示体内存在某种肿瘤。
(1)抗原标志物CA125是卵巢肿物较敏感的肿瘤标记物。AFP是内胚窦瘤的最好肿瘤标志。未成熟畸胎瘤AFP值也可升高，AFP的升高常先于临床体征，它在诊断和监护方面都具有重要意义。
(2)激素标志物绒毛膜促性腺激素β亚单位(β-hCG)是妊娠滋养细胞疾病特异性很高的标志物，卵巢绒癌患者血清浓度也往往升高。颗粒细胞瘤及卵泡膜细胞瘤患者雌激素水平上升。30%的睾丸母细胞瘤患者尿17-酮类固醇的排出量增高。
(3)酶的标志物/乳酸脱氢酶(LDH)在卵巢恶性肿瘤患者的排出量增高。