对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
肿块小于125px，疑为卵巢瘤样病变的非肿瘤性卵巢囊肿，可做短期观察，或口服避孕药物。
超声引导下介入治疗囊肿，是在超声引导下用较细的进口PTC针穿刺，超声下可看到针尖在囊肿内的位置，囊肿抽吸减压后，囊液不会外溢，囊液抽尽后，注入硬化药物保留10分钟就可将分泌囊液的细胞全部凝固，不再产生囊液，同时将硬化药物再全部抽出，囊内只保留硬化药物，一旦确诊为卵巢良性肿瘤，应手术治疗。
根据患者年龄、生育要求及对侧卵巢情况进行手术方式的选择。年轻、单侧的卵巢良性肿瘤患者应行患者卵巢囊肿剥除术或卵巢切除术，尽可能保留正常卵巢组织及对侧正常卵巢。即使为双侧卵巢囊肿也应该争取行双侧卵巢囊肿剔除术，保留正常卵巢组织。围绝经期患者可行单侧附件切除术或子宫及双附件切除术。手术中剖视肿瘤肉眼观察区分良恶性，必要时冰冻病理切片组织学检查明确性质，确定手术范围。大的肿瘤尤其高度怀疑恶性肿瘤者，尽可能完整取出，防止肿瘤破裂囊内液流出及肿瘤细胞播散种植。
卵巢囊肿施行手术的一个目的是排除恶性倾向。手术可采取开腹或腹腔镜。腹腔镜与开腹手术相比，可减少住院时间、减少疼痛，且术后恢复快。但腹腔镜手术前，应做好剖腹手术的准备。
1.良性卵巢囊肿的手术治疗
(1)卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。
(2)输卵管卵巢切除术，年龄较大(45岁以上)或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。值得注意的是关于较大卵巢囊肿的手术处理，应不计切口大小，以完整切除为宜，以免破患者脉搏内容物溢入腹腔或切口，术中要注意腹压快速变化引起患者脉搏、呼吸、血压的变动，必要时加速输液或输血，输氧，更要预防早期发现急性胃扩张，麻痹性肠梗阻以及由此而引起的水，电解质平衡失调等。
2.恶性卵巢囊肿的手术治疗
(1) 多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶。由于卵巢恶性囊肿常与子宫，附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜，故现多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除，部分肠切除，部分膀胱，输尿管切除。
(2)对于合并腹水的卵巢恶性肿瘤，不论是否全部切除，均宜在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射抗癌药剂或放射性胶体金或胶体磷。
妊娠合并卵巢囊肿的处理
卵巢囊肿合并妊娠较常见，但恶性肿瘤少见妊娠。妊娠期合并卵巢囊肿较非孕期危害更大。妊娠合并良性卵巢肿瘤以成熟性畸胎瘤及浆液性(或粘液性)囊腺瘤居多，占妊娠合并卵巢肿瘤的90%，恶性者以无性细胞瘤及浆液性囊腺癌多。若无并发症，妊娠合并卵巢肿瘤一般无明显症状。早孕时三合诊即能查得。中期妊娠以后不易查出，需依靠病史及B超诊断。早孕时肿瘤崁入盆腔可能引起流产，中期妊娠时易并发蒂扭转，晚期妊娠时若肿瘤较大可导致胎位异常，分娩时可引起肿瘤破裂，若肿瘤位置低可梗阻产道导致难产。妊娠时盆腔充血，可能使肿瘤迅速增大，促使恶性肿瘤扩散。
早孕合并卵巢囊肿，可以等待至妊娠3个月后进行手术，以免诱发流产，妊娠晚期发现者，可等待至足月，临床后若肿瘤阻塞产道即可行剖宫产，同时切除肿瘤。若诊断或疑为卵巢恶性肿瘤，应尽早手术，其处理原则同非孕期。
中医治疗卵巢囊肿组成方：
海藻 12克，白芥子 10克，三棱 10克，苡仁 20克，桃仁 10克，夏枯草 20克，南星 6克，赤芍 12克。
功能：理气行滞、活血祛痰、软坚消肿。
主治：适用各种囊肿，尤其对卵巢囊肿效果显著，对子宫肌瘤、畸胎瘤、肝肾等囊肿也有一定的疗效。
用法：水煎服，药液为 600毫升，每服 300毫升，每日 2次，10天为 1个疗程，1～ 2个疗程B超 1次，如有疗效，服药可直到肿瘤消失为止。用药 3个疗程，肿瘤继续增大者为无效，可做CT检查进一步明确诊断另做治疗。
方解：方中三棱、桃仁、赤芍理气行滞、活血祛瘀 ,海藻、夏枯草、白芥子能消痰软坚、散结消肿，南星、苡仁化湿祛痰，白芥子与海藻配合能消除黏腻之阴邪，以上诸药配伍，能使痰湿化，气血通，囊肿消也。
偏虚寒者加肉桂、炮姜、鹿角胶;偏气虚者加黄芪、党参、白术;偏血虚者加熟地、当归、阿胶;偏痰湿者加云茯苓、苍术、土茯苓;偏血瘀者加水蛭、地鳖虫、泽兰;偏气郁者加香附、郁金、橘核;偏郁热者加丹皮、黄柏、大黄;偏痛重者加元胡、川楝子、乳香、没药、炮山甲;偏肾虚腰痛者加杜仲、枸杞等。如果突然出现小腹剧烈疼痛时，要及时做B超检查看其肿瘤有扭转否，如有扭转要及时手术治疗。