1.脑膜瘤 硬化型颅骨纤维异常增生症在X线平片上的颅骨改变与脑膜瘤所引起的颅骨变化类似，因此需要与之鉴别。脑膜瘤引起的骨质变化特点是：颅骨的内、外板及板障均增生，局部骨质硬化增白。除此之外，头颅CT扫描较易将两者鉴别开来，脑膜瘤表现为颅内紧贴硬化颅骨，有一边界清晰的高密度占位病灶，病灶呈均匀强化，而颅骨纤维异常增生症无此表现。
2.骨瘤 为最常见的颅骨肿瘤，多发生于20～30岁青年人，少数也见于儿童或老年人。病程较长，瘤体较小者一般都无自觉症状，较大者可有轻微胀痛或麻木感。X线表现为局限性、圆形或椭圆形、均匀一致的骨密度增高区，部分病例可为界限模糊的骨密度减低区，内、外板多同时受累，以发生于额骨、顶骨多见，而颞骨、颅底骨较少发生，绝大多数向颅外方向发展，因此极少出现脑受压和颅内压增高症状。根据好发年龄、部位及X线特点，比较容易较两者鉴别开来。
3.嗜酸性肉芽肿 好发于儿童和20岁左右的青年人，以男性多见，多发生于额骨、顶骨，常表现为在较短的时间内(一般不超过1个月)突然出现头部疼痛性肿块。局部淋巴结不增大，但病人有乏力、低热，很像轻度的化脓性骨髓炎。颅骨X线片可见局部骨质破坏，周围可有增厚的骨反应。血象有嗜酸性粒细胞增多，依据以上特点可将两者相鉴别。
4.畸形性骨炎 即Paget病。该病多见于中年以后的成年人，男性多于女性，常有家族倾向。病变也可累及颅骨及其他骨骼组织。颅骨病变的早期常表现为片状的溶骨性改变，在X线平片上有明显的X线透光区。以后出现广泛的颅骨增生，以板障及外板最为明显。在多数情况下都能见到颅骨小梁。病变区的血供特别丰富。部分病变有恶变为肉瘤的倾向。根据发病的年龄、病史及颅骨X线表现，绝大多数病人可以做出鉴别诊断。有些鉴别困难的病人，则只有通过活检来鉴别诊断。