颅内静脉系血栓形成应尽早诊断、及时治疗，治疗原则包括降颅压、改善循环、对症治疗及病因治疗等。
1.炎性血栓 积极处理感染灶，对患者血及脑脊液进行细菌培养，选择敏感易通过血-脑脊液屏障的抗生素，对病原菌不清楚者应联合应用抗生素。热退之后还应继续使用足够时间抗生素，一般抗生素应用时间不应少于1个月。
2.非炎性血栓
(1)外科治疗：直接进行静脉窦血栓摘除术、球囊血管成形术及支架置入术等。
(2)内科治疗：主要原则是抗凝治疗及溶栓治疗。但给药物的途径、剂量、时间、联合用药及其对血流再通的作用及副作用等尚无统一认识。
①抗凝治疗：已普遍应用并公认为是一种有效的方法，无论有无出血性梗死都应进行抗凝治疗，因为抗凝的疗效远远大于其引起出血的危险性，有出血性梗死的颅内静脉血栓患者用抗凝治疗，效果满意，抗凝在出血性梗死组并没有增加颅内出血的危险性。
普通肝素(SH)：用量和给药途径原则上应根据血栓大小和范围，有无并发颅内出血等综合考虑。一般首剂静脉注射3000～5000U，之后2.5万～5万U/d持续静脉滴注。1天检测2次部分凝血激酶时间(PTT)和纤维蛋白原水平。PTT延长2倍但不超过120s。疗程7～10天，常见的并发症为颅内出血及全身出血。Einhaupl等研究报道，肝素治疗组治疗3个月后，80%患者恢复，其中1/2恢复正常;对照组仅10%恢复，其中5%恢复正常，60%有后遗症，30%死亡。
能够抑制凝血过程中的中心环节Xa因子活性，对体内、外，动、静脉血栓形成均有抑制作用，对凝血及纤溶系统的影响很小，不需监测PTT，出血并发症发生率极低。推荐剂量为4.1ku，2次/d皮下注射。根据神经功能恢复状态和血流再通情况决定用药疗程，一般用7～10天，而后改为华法林(华法令)维持治疗。
②溶栓治疗：近年来常采用经股静脉路径，进行选择性插管，能较迅速进入到静脉窦或颅内静脉，与经前囟穿刺，经额钻颅或切开穿刺相比，具有损伤小、成功率高、治疗后血管再通率高等优点。神经功能恢复与血流再通相一致。治疗前有出血性梗死者，治疗后出血范围未扩大。
溶栓药物有尿激酶(UK)、链激酶(SK)或阿替普酶(重组组织型纤溶酶原激活物)。尿激酶(UK)对血栓的特异性溶解作用差，溶栓需要时间长(平均71h)，用量大(平均614万U)，全身出血性并发症发生率高;阿替普酶(rt-PA)对血栓的特异性高，直接作用于血凝块，避免低纤维蛋白原血症，全身出血并发症少，溶栓需时间短(平均29h)，用量小(平均43mg)，但两者之间的疗效和安全性缺乏交叉对照研究。
联合用药治疗，目前文献报道，多采用血管内溶栓合用肝素治疗方法，目的在于加强溶栓剂的溶栓效果和减少溶栓剂用量，预防血栓复发。治疗方法是在血管内用阿替普酶(rt-PA)溶栓的同时，加用LMWH皮下注射，直至血流再通或神经功能恢复。维持抗凝采用口服华法林(华法令)，时间在10周以上。