1.胃肠道动力紊乱 IBS患者小肠消化间期移行性复合运动异常，周期明显缩短，空肠出现较多离散的丛集收缩波，且腹痛发作者中68%与之有关。这些变化在应激和睡眠中更为明显。另外，腹泻型IBS患者小肠、结肠转运时间增快，而便秘型患者则明显减慢。上述变化与IBS的症状关系尚不明确。
2.内脏感觉异常 内脏敏感性增高是IBS的重要病理生理机制，也是IBS的生物学标志之一。研究发现IBS患者多数具有对管腔(直肠)扩张感觉过敏的临床特征，其平均痛觉阈值下降、直肠扩张后的不适程度增强或有异常的内脏-躯体放射痛，提示脊髓水平对内脏感觉信号处理的异常。
3.精神因素 心理应激对胃肠道功能有显著影响，它在IBS症状的诱发、加重和持续化中起重要作用。心理社会因素对IBS的影响可表现为：对胃肠生理的作用，对疾病的体验、疾病行为和疾病后果的影响，对行为干预指征的影响。严重的负性生活事件在IBS患者中具有更高的发生率。胃肠门诊中相当部分患者伴有心理障碍，其中以焦虑、抑郁为主。
4.肠道感染 部分IBS患者在发病前有肠道感染史，在由各种病原，包括细菌、病毒、寄生虫感染引起的胃肠炎患者中20%～25%在急性感染后发生肠功能紊乱，有10%可发展为感染后IBS。肠道感染可对肠黏膜上皮屏障和肠道黏膜免疫系统产生影响，导致肠功能紊乱，诱发IBS。肥大细胞是肠道黏膜组织中最重要的免疫细胞之一，肠道炎症时，肥大细胞受到抗原刺激而脱颗粒，其介质可直接作用于平滑肌细胞或分泌细胞，也可能首先兴奋其周围的神经细胞，再由后者将信息传递给靶细胞。
5.其他 部分IBS患者的症状与食物有关，可加重其症状。食物中的纤维发酵可能是过多气体产生的原因。此外，肠道菌群的紊乱可能也是产生症状的原因之一。
