肺脓肿病因为各种化脓性细菌、分枝杆菌、真菌或寄生虫感染，最常见病原菌为厌氧菌(anaerobe)，如消化链球菌、梭形杆菌、产黑色素杆菌、脆弱类杆菌、紫质单胞菌等；其次为多种革兰阴性菌和革兰阳性菌，如大肠埃希菌、克雷白杆菌、阴沟肠杆菌、弗劳地枸橼酸杆菌、洛菲不动杆菌、流感嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、军团菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、粪肠球菌，少见细菌有铜绿假单胞菌、肺炎链球菌等；此外，在糖尿病患者和免疫功能抑制者某些真菌感染可引起空洞，如奴卡菌、放线菌；寄生虫如溶组织阿米巴原虫，为一种重要的、但并不常见的肺脓肿病原菌，主要引起下叶基底部位的脓肿；分枝杆菌如结核分枝杆菌、鸟分枝杆菌及细胞内分枝杆菌等亦可引起肺脓肿。在院外获得的肺脓肿中，厌氧菌感染占60%～85%，且多为几种厌氧菌混合感染。新近的研究显示，在分离的厌氧菌中，10%～15%的脆弱类杆菌、60%的非脆弱类杆菌以及40%的梭形杆菌可产生β内酰胺酶，因此耐青霉素的厌氧菌感染已成为一个不容忽视的问题。院内获得性肺脓肿中，常为革兰阴性杆菌及阳性球菌混合感染。