一旦诊断肺栓塞应立即开始积极治疗。肺栓塞治疗措施主要包括一般处理;对症治疗;溶栓治疗;抗凝治疗;手术治疗等。
1.一般处理 卧床休息;吸氧，必要时给予高频喷射或振荡给氧;保持排便顺畅，避免外周栓子大块脱落等都是十分重要的措施。
2.对症处理 维持血流动力学稳定状态，及时纠正休克和心力衰竭，给予低分子右旋糖酐以扩容和改善血液流变性;严重胸痛者给予镇痛剂;赛庚啶(cyproheptadine)、酮色林(ketanserin)可以有效解除栓塞所致的血管和气道痉挛。
3.溶栓治疗 肺栓塞或深部静脉血栓形成的溶栓治疗仍有争议。但对于发病在5天以内的大块的(栓塞两个肺叶以上)或伴低血压的肺栓塞，没有溶栓禁忌证者仍多主张做溶栓治疗。国内多采用尿激酶(urokinase)，常用方法为首剂2000～4400U/kg在10～30min内静脉注入，继以每小时2000～4000U/kg连续静脉滴注12～24h，后继以抗凝治疗。另一常用药物为阿替普酶(重组组织型纤溶酶原激活药,rt-PA)，它选择性溶解已形成血栓中的纤维蛋白，理论上只起局部溶栓作用而不引起全身性溶栓效应，安全性较大，剂量为40～100mg静脉滴注2h以上，同时加用肝素。
4.抗凝治疗 它虽不能直接溶解血栓，但可以阻止血栓的进一步发生发展。部分病情较轻者仅使用抗凝疗法，也可以通过机体自身的纤溶过程取得满意疗效。常用的药物是肝素(heparine)与华法林(warfarin)。抗凝初期和溶栓后一般使用肝素，它可以防止血栓形成及血块播散，剂量为1.5万～3万U/d，将凝血时间控制在正常的1.5～2倍，静脉或皮下分次注射，根据凝血监测结果加以调整。一般使用肝素7～10天后加服华法林，3～5天后改为单独口服华法林。有研究表明低分子量肝素具有肝素常规制剂同样的功效，但出血性合并症较少。华法林口服多用于维持治疗，剂量为首剂10～15mg，次日减半，以后每天2.5～7.5mg维持，具体维持量依据凝血情况调整。以前，要求凝血酶原时控制到对照值的1.5～2.5倍，按此用药出血合并症多。近来，国外推荐华法林维持治疗剂量为将凝血酶原时控制在对照值的1.3～1.6倍。华法林疗程一般为3～6个月。天然和水蛭素(重组水蛭素)能防止血栓形成，在防治血栓形成和肺栓塞上有良好的应用前景，目前仍在进一步研究中。
5.手术治疗 手术方式有2种。
(1)肺血栓切除术：它的死亡率很高，仅适用于经溶栓和加压素等积极治疗仍不能纠正休克者。肺大动脉血栓栓塞未能消融并已机化侵入血管壁，引起慢性肺动脉高压者应行血栓动脉内膜切除术，据报道它的死亡率不到13%。
(2)下腔静脉阻断术：为预防下肢或盆腔静脉栓子再次脱落引起肺栓塞，可以考虑行下腔静脉折叠术，结扎术或安装下腔静脉滤器术。