1.高热者需与严重感染(如败血症)鉴别 甲亢危象以持续高热伴大汗淋漓为特征，脉率增快比体温升高更明显，一般降温及抗感染治疗效果不佳。同时或多或少的存在其他甲亢表现。
2.冠心病心律失常，房颤、房扑等 甲亢危象者按一般心律失常治疗效果不佳，用β受体阻滞剂效果较好。有其他方面甲亢表现存在是鉴别的重要依据。
3.以恶心、呕吐及腹泻为突出表现的甲亢危象可酷似急性胃肠炎。甲亢危象的腹泻以便次增多，溏便或稀便为主，腹痛不明显，大便常规无异常所见。可伴有大汗、心动过速等其他甲亢症状。
4.有昏迷或躁动不安伴肝功异常及黄疸的甲亢危象应与肝性脑病鉴别 病人昏迷情况难以用肝脏损害程度与血氨水平解释及其他甲亢症状体征存在有助于鉴别诊断。