一、前列腺癌 直肠指诊前列腺质地坚硬如石、表面凸凹不平，可触及结节。血清前列腺特异性抗原(PSA)明显升高，鉴别需行活组织或针吸细胞学检查。
二、前列腺炎 急性前列腺炎可发生排尿困难或急性尿潴留。但患者发病突然，有寒战和高热、尿频、尿急、尿痛。直肠指诊前列腺肿胀、压痛、局部温度升高、表面光滑，形成脓肿则有饱满或波动感，故可与前列腺增生症相鉴别。慢性前列腺炎直肠指诊前列腺饱满增大，质软，轻度压痛，病程长者前列腺缩小变硬，有小结节。前列腺液检查：白细胞>10个/每高倍镜视野，卵磷脂小体减少，二者相鉴别并不难。
三、膀胱颈挛缩 由于慢性炎症所引起，发病年龄较轻，40～50岁出现病状。临床表现与前列腺增生症相似，但前列腺不大，膀胱镜检查可见内括约肌呈环行狭窄，把尿道与膀胱明显分开，膀胱颈后唇抬高成堤坝状，膀胱颈呈苍白或有玫瑰色，其表面通常光滑，缺乏血管分布，故二者易于鉴别。
四、尿道狭窄 多有外伤史或感染史，行尿道造影即可明确诊断。
五、膀胱癌 膀胱颈附近的膀胱癌临床上亦可引起膀胱出口梗阻，导致排尿困难等症状，并常有血尿，膀胱镜检查容易鉴别。
六、神经性膀胱功能障碍 临床所见与前列腺增生症相似，有排尿困难和尿潴留，也可继发泌尿系感染、结石、肾积水和肾功能不全。但神经性膀胱功能障碍常有明显的神经系统损害的病史和体征，往往同时存在下肢感觉和运动障碍，有时伴有肛管括约肌松驰和反射消失。近年来重视逼尿肌和尿道括约肌失调及不稳定膀胱逼尿肌引起的排尿困难。应用尿流动力学检查可明确鉴别。
七、糖尿病周围神经病变 可导致排尿困难、尿潴留、淋漓不尽等症状。可根据患者糖尿病病史、病程、周围神经病理反射检查、应用尿流动力学检查可明确鉴别。
