注意防止阿米巴虫和吸虫病感染。注意饮食卫生。对慢性腹泻者应及时检查，如为肠阿米巴病患者或带包囊者须进行彻底治疗并与肠道隔离。如为餐饮业人员应暂调离工作。大力消灭苍蝇和蟑螂，加强粪便管理亦很重要。
1、本疾病的传播主要是通过污染的手、苍蝇、蟑螂将阿米巴原虫的包囊带至食品，经口感染。但多数人感染后没有明显的临床症状，成为无症状的排虫者;只有少数身体抵抗力低下的人出现临床症状。
2、急性阿米巴病的患者粪便中可排出大量阿米巴滋养体，但在外界环境中滋养体很快死亡，因此一般急性患者的传染性较小。而慢性或无症状的排虫者，粪便中排出的阿米巴包囊对外界环境抵抗力较强，一般的消毒剂都不能把它们杀灭。所以，这些慢性患者，尤其是无症状的阿米巴包囊携带者是本病重要的传染源，可把疾病传染给别人。
3、阿米巴原虫主要是粪-口传染，口对肛门的性交方式有较多机会接触这个传染源，从而感染阿米巴原虫。