真菌镜检：取痰、甲屑、脓、尿等标本，可见分隔的菌丝及小孢子。
真菌培养：沙保弱培养基25℃生长慢，表面呈绒毛样，灰色或粉红色，也可呈红色弥漫到整个培养基。镜下可见典型帚形枝，双轮生，散在，有2～7个梗基，其上有2～6瓶梗，较短而直，瓶身较膨大，梗颈短直，可见单瓶梗，直接从气中菌丝长出，其顶端有单链分生孢子。
如将该培养基置37℃，均呈酵母样型。初为淡褐色膜样、湿润、平坦的菌落，继而产生红色色素。镜检为圆形或椭圆形酵母孢子。有时可见与活检组织中所见相同的酵母样型细胞。
胸片及CT呈弥漫性网结节状，局限及弥漫性蜂窝状改变及局限间质性浸润等表现，亦可出现胸腔积液。
皮损病理检查可见大小形态不一的肉芽肿，中心坏死，有中性粒细胞浸润，周围绕有组织细胞及少数多核巨细胞。马内菲青霉菌位于细胞内或细胞外，呈圆形或卵圆形，直径2～4µm，PAS染色为蓝色，核周绕一空晕。具诊断意义的特殊表现为，游离于组织细胞外的菌体，可为长形、粗细均匀、两头钝圆的腊肠状细胞。