有时与食管癌易混淆，可行内镜检查多能鉴别。
膈上憩室常由胸部X线检查确诊。胸部平片有时可看到含液平面的憩室腔，服钡造影在膈上几厘米处见到憩室，常突向右侧，亦可突向左侧或前方。膈下腹段食管出现憩室的情况极为罕见。憩室可以同时合并裂孔疝，造影时需多方位观察，以免漏诊或误诊。
内窥镜检查有一定危险，只在怀疑恶变和有合并畸形时进行。
食管中段憩室也同样依靠X线确诊，服钡造影时要采用卧位或头低脚高位，并左右转动体位，才能清晰地显示憩室的轮廓，因为食管中段憩室的开口都比较大，造影剂很容易从憩室内流出，不易在内存留。
内窥镜检查对浅小的食管中段憩室帮助不大，只在怀疑憩室恶变时进行。