男性尿道癌应与尖疣、尿道狭窄、尿道周围脓肿、结核、阴茎海绵体硬结症鉴别。必要时应作活体组织检查。
女性尿道癌应与下列疾病相鉴别
1.尿道肉阜 为发生于女性尿道口部位的良性息肉样组织。有时可与突出至尿道外口的尿道癌混淆。尿道肉阜以绝经后女性多见，伴烧灼感，呈鲜红色、质软、易出血的息肉样肿块，基底广，血管丰富，表面无溃疡与分泌物，有明显触痛，不向外浸润。
2.尿道尖锐湿疣 为性传播疾病，除了发生在尿道外口外，多同时出现在外阴、阴道、肛门周围等，有排尿灼痛及尿道分泌物。鉴别困难时，取活组织检查。
其次应与kaposi肉瘤或化脓性肉芽肿。移行细胞癌皮肤转移癌鉴别。
