1.单纯性肾囊肿 可有腰背酸痛症状，有时可触及上腹部和腰部囊性肿块。但病人无包虫病流行区居住和生活史，多在健康普查中发现。B超检查显示圆形无回声肿物，壁薄而光滑。X线检查囊壁钙化更为常见。尿液中不含包囊碎屑，卡索尼反应阴性。可与肾包虫病鉴别。
2.多囊肾 也表现为上腹部和腰部的囊性肿块。但该病有家族发病倾向，多为双侧，有进行性肾功能不全和高血压表现。体检腰部肿块边界不清，压之较软;且B超检查发现肾体积明显增大，肾脏边缘不齐，肾内囊性肿块无“双壁征”。尿路造影可见肾盏变形、拉长，呈蜘蛛脚状。 CT示双肾体积增大，肾断面有无数个大小不一的囊肿，囊壁可有钙化，可与肾包虫病鉴别。
3.肾积水 亦有腰部胀痛、血尿及脓尿症状，上腹部及腰部可触及囊性包块。但该病有明显的尿路梗阻原发病如结石、狭窄等。病人无包虫病流行区居住和生活史。尿路造影示肾盂、肾盏扩张，无肾盏漏斗部的变细和移位。尿液中不含包囊碎屑，卡索尼反应阴性。可与肾包虫病鉴别。
4.肾肿瘤 亦有腰痛和腰腹部肿块表现。但本病多有全程肉眼血尿伴条索状血块、发热以及消瘦等症状。B超检查示患侧肾体积增大，有实质性占位。CT示肾脏不均质占位病变，CT值为30～50Hu，增强扫描示肿物CT值低于正常肾组织，分界清楚。可与肾包虫病鉴别。
5.膀胱肿瘤 B超检查可发现膀胱壁的占位性病变，大的肿瘤可通过双合诊触及。但膀胱肿瘤有无痛性肉眼血尿，无粉皮样尿。尿液中可找到肿瘤细胞，而无棘球蚴原节头。B超及CT检查示膀胱内有实质性占位病变，而非囊性占位。可与膀胱包虫病鉴别。
6.输尿管囊肿 感染时可出现尿频、尿急、尿痛。B超检查也可显示膀胱内的囊性占位性病变。但其尿液检查找不到头节及子囊。膀胱镜检查可见输尿管口囊性肿物，随排尿有节律性舒缩。可与膀胱包虫病鉴别。
7.膀胱息肉 B超检查也可表现为膀胱壁的占位性病变。但病人无粉皮样尿，尿液中也找不到包虫头节及子囊。B超及CT检查可发现膀胱内有实质性占位，而非囊性占位。可与膀胱包虫病鉴别。
