慢性反流性肾病临床表现各异。尿路感染发作次数、症状严重程度与反流程度和肾脏瘢痕程度无关，仅有一次感染病史的病例也可有严重反流。儿童发生第一次尿路感染不论其年龄、性别和症状严重程度均应进行有关检查。小儿常在4岁以下发病，以反复发作的尿感就诊。内科病者多为女性中青年，多因单侧肾萎缩、肾衰尿感症状，高血压等来就诊。
慢性反流性肾病最常见的临床表现是尿路感染和多发生于排尿时的胁腹痛。尿路感染发生率有63%～88%;蛋白尿的发生率为34.5%～54.7%，也可为RN的首发症状，因常在严重瘢痕形成数年后出现，提示VUR已导致肾小球病变，为预后不良指征。即使术后VUR消失肾功能仍继续恶化。另外本病还具有潜伏性的特点，常在妊娠时因尿路感染、蛋白尿高血压先兆子痫或肾功能衰竭被首次发现。个别患者偶尔因其他原因接受影像学检查，而被发现单肾或双肾瘢痕或萎缩或因发现无症状菌尿而考虑到本病诊断。部分病例可长期无症状，直到肾功能不全进入尿毒症期才得以诊断。
慢性反流性肾病病程中常见高血压，在开始透析的患者中75%有高血压。在成功的抗反流手术数年后，也可发生高血压。高血压严重程度与反流程度和尿路梗阻程度无明显相关性。临床上高血压发生率为10.6%～38.1%，是RN的后期常见并发症;妊娠高血压(妊高征)可为 RN的首发症状。约4%严重妊高征病人有RN;可有夜尿、多尿、尿液浓缩功能异常;有10.2%～50%的RN可导致肾衰，一般发生肾衰的发病年龄在35 岁以下。约半数病例就诊时已有氮质血症。单侧性反流性肾脏病的肾衰，是由于并发了双侧肾的肾小球病变。本病还可有遗尿史(4%～20%)，肾结石 (2.2%～18%)镜下或肉眼血尿等。