本病部分患者肾小球滤过功能可长时间保持稳定，其他患者肾功能进行性损害，进入肾功能衰竭。
当输尿管膀胱结合处发育成熟时，2/3的反流会消失，所以对于反流患者主要是对感染进行治疗，防止上尿路受损害，同时要注意并处理膀胱下梗阻。
抗高血压治疗是反流性肾病治疗的重要方面，研究表明持续的高度反流和尿路感染以及同时存在的高血压，是促进肾功能损害发展到终末肾功能衰竭的因素。
蛋白尿是肾功能损害最重要的标志。现在认识到，蛋白尿提示并发的小球病变可在无并发感染和高血压的情况下，或在外科手术纠正反流之后，进行性发展。
抗反流手术不影响肾小球病变的发展，局灶节段性肾小球硬化是本病向肾功能衰竭发展的重要因素。因此对原发输尿管反流首先考虑保守治疗，只有在足够的药物治疗后感染仍复发以及上尿路有病变时，才考虑防止反流的手术。当膀胱壁段输尿管直径正常时，8cm长的黏膜下隧道就可防止反流。
Smith研究了单侧肾受累、高血压与肾切除的关系，结论认为即使单侧肾显著受累，肾切除仍应慎重。
对于神经疾病引起的下尿路功能障碍，间歇膀胱插管、预防性抗生素治疗和抗胆碱能因子的联合治疗，在部分病例能成功地防止逼尿肌高度紧张状态。
在脊髓损伤患者，降低膀胱出口阻力的措施如α-肾上腺素能阻断药物和横纹肌解痉药治疗，或外科应用内镜分离尿道外括约肌，或应用新近发展的尿道环或管支撑尿道，能减少和消除反流。间歇膀胱插管也可应用。
叶任高等专家认为发生在婴幼儿的VUR很多会自行缓解，但如VUR持续至青春期，或严重的VUR，则极少能自行缓解。目前的主张是内科疗法更为可取，外科反流手术要严格适应证并慎重采取。
1.内科治疗
(1)防治尿路感染：定期排空膀胱，最重要的是2次排尿(5min内第2次排尿);长程低剂量抑菌疗法治疗，最常用每晚睡前排尿后服磺胺甲?唑/甲氧苄啶(复方新诺明)半片，连用6个月，然后停药观察，若尿感又复发则重新开始治疗，疗程1～2年。对磺胺过敏者可单用甲氧苄啶(甲氧苄氨嘧啶)50～100mg每晚服。亦可用喹诺酮类药物，如氧氟沙星(氟嗪酸)每晚服0.1g。
(2)防治脱水：应饮入充足水分，因为这种病人不能排出浓缩尿，所以，临床上很易脱水;另因多饮水可降低肾髓质高渗状态，有利于感染控制。
(3)积极抗高血压治疗：使用高血压新阶梯疗法(参见肾实质性高血压)。
(4)中医药治疗：我们常用的基本方剂是补阳还五汤：北芪30g、当归尾9g、赤芍10g、川芎6g、地龙9g、桃仁9g、红花9g。随证加减化裁。本方能补气活血，化瘀通络，适用于气虚血滞，脉络瘀阻的证候。
2.外科治疗 其手术适应证仅限于：
(1)重度反流，尤其双侧反流者。先行内科保守治疗4年，如反流仍持续或有进行性肾功能减退或新瘢痕形成者。
(2)反复尿路感染，尤其有发热症状的暴发性感染，经内科治疗4个月VUR无改善者。
(3)输尿管口呈高尔夫洞穴样改变。
(4)可用手术纠正的先天性异常或尿路梗阻。
对成人VUR是否选择手术治疗，目前仍有分歧。有人建议，成人反流病人，如有无症状菌尿或排尿障碍，应考虑手术治疗。此外，晚近许多作者推荐使用经内镜下注射聚四氟乙烯(特氟隆，teflon)治疗VUR，据报告，儿童的成功率为87%～93%，成人为73%。