慢性淋巴细胞性甲状腺炎诊断一般不难，容易导致误漏诊的原因可能有：症状不典型、甲状腺呈单发或多发性结节、与其他甲状腺疾患同时存在、缺乏特异性确诊手段以及对本病缺乏充分认识等。
1.甲状腺癌及甲状腺恶性淋巴瘤 甲状腺快速(2～3个月)进行性增大，固定，坚硬，与周围组织粘连，伴有压迫症状如声音嘶哑(喉返神经受压)，颈淋巴结肿大，必要时给予适量甲状腺激素诊断治疗4周以上，甲状腺不缩小或继续不对称增大者应高度怀疑癌。影像学如超声波或核素扫描：癌多为孤立性结节，慢性淋巴细胞性甲状腺炎则显示不均质弥漫性病变。开放甲状腺活检可对大部分病人作出诊断。针吸细胞学检查对少数病人有诊断价值。
2.非毒性甲状腺肿 非毒性结节性或弥漫性甲状腺肿与本病鉴别均较困难，惟前者质地较为柔软，多数甲状腺功能正常，确诊需依靠甲状腺抗体测定，必要时细针吸细胞学检查明确。青春期甲状腺肿从临床上与本病鉴别可能更为困难，因此年龄段慢性淋巴细胞性甲状腺炎较少有高滴度循环甲状腺自身抗体。
3.其他 对面容臃肿、苍白者易误诊为慢性肾炎、贫血等，需提高对本病的警惕性。
