正常情况下，胃和上段小肠只含少量细菌，这是因为胃酸和小肠的推进运动能抑制和清除细菌。任何导致胃酸过低或引起肠运动减慢或中断因素均可导致小肠内细菌过度增长。
1.胃内细菌增生 低酸或无酸、胃黏膜萎缩、胃术后运动或解剖异常(如胃大部切除术后残胃)中几乎无含壁细胞的胃底腺而致无酸。此外，Sachs研究证明奥美拉唑可抑制壁细胞内H -K -ATP酶，使之失活。这种质子泵抑制药与酶的结合为非可逆性，直到细胞内新酶合成并被运送到顶膜，酶活性才恢复，这一更新过程需48h，故服用1次奥美拉唑可致持续48h低酸。
2.小肠淤积
(1)解剖原因：BillrothⅡ手术或胃切除的输入袢、十二指肠空肠憩室、手术所致盲襻、再循环襻手术、肠狭窄、粘连、炎症和淋巴瘤所致梗阻。
(2)小肠运动障碍：硬皮病、特发性小肠假性梗阻、移行性复合运动缺如或障碍、糖尿病自主神经病等。
(3)肠异常通道：胃-结肠或空肠-结肠瘘、回盲瓣切除。
3.其他 慢性胰腺炎、免疫缺陷综合征。