(一)治疗
对于浅表感染常用治疗方法为将毛发剃光，或每天擦洗毛发，用手刮去结节。可在剃除毛发后再用一些抗真菌剂，如0.05%氯化汞、6%水杨酸(柳酸)、12%苯甲酸、3%硫磺或2%甲醛溶液(福尔马林)，即可治好。亦可用含酮康唑和二硫化硒的药液洗涤病发。
由于大多数系统感染患者均有严重的免疫抑制和原发病，因而侵袭性感染的治疗较为困难。已报道治愈的患者多为无中性粒细胞减少或中性粒细胞减少迅速恢复的患者。
在人血清中两性霉素B的浓度可以抑制毛孢子菌，但不能杀灭。因此，两性霉素B不适于治疗中性粒细胞减少患者合并的毛孢子菌病。氟康唑、伊曲康唑、咪康唑和SCH39304的体外活性与两性霉素B相似。氟胞嘧啶可与两性霉素B协同作用，动物实验表明效率优于单用两性霉素B。推荐的治疗方法：在肾功正常的情况下，两性霉素B 0.7～1.0mg/(kg·d)联合或不联合氟胞嘧啶100mg/(kg·d);以氟胞嘧啶600～800mg/d作为替代疗法或与两性霉素B联合。在抗真菌治疗的同时，应重视改善患者的免疫抑制状况。刺激细胞因子以提高中性粒细胞计数，降低皮质类固醇激素和免疫抑制剂的用量是非常重要的。一些真菌血症患者可拔除静脉插管。对于恢复良好的患者特别是心内膜炎和中枢神经系统累及者，应维持长期抗真菌治疗，较为简便的方法是口服氟康唑。一些患者虽然恢复并在停止抗真菌治疗后病情稳定，但一旦出现新的免疫抑制因素如长期的化疗或抗排斥反应治疗时，可能应继续给予系统性抗真菌治疗。
中医治则：宜养阴清热，扶正祛邪，方用解毒养阴汤加减。
(二)预后
由于大多数系统感染患者均有严重的免疫抑制和原发病，因而侵袭性感染的治疗较为困难。