异位胰腺继发病理改变并引起明显症状时，应进行手术治疗。如胃次全切除术、肠切除术、憩室切除术等。病灶较小者可作部分胃壁或肠壁切除，再缝合胃壁或肠管。切忌试图从胃、肠壁上单纯剥离异位胰腺组织。
如果在其他手术中偶尔发现异位胰腺，且病人在术前也无异位胰腺引起的症状，在不影响原定手术和切除异位胰腺并不困难的情况下，应尽可能予以同时切除。术中还应作冰冻切片，如有癌变则应扩大切除范围或行根治术。治疗
本病的治疗包括以下几个要点：
1、牵引复位
颅骨牵引和枕颌带牵引是常用的复位方法。牵引时，头颈略屈曲(约30°)，牵引重量为5～6kg，逐渐加大，但不超过10kg,以避免或加重脊髓损伤。为便于复位，可在脱位侧的肩部垫以沙垫，使损伤节段轻度侧屈，将脱位的关节突牵开，然后调整牵引方向，使之复位。同双侧关节突脱位一样，在整个复位过程中，密切注意全身情况变化，并每隔10分钟行床旁摄片以掌握复位。
2、复位后
应用1～2kg重量维持牵引3～4周，再用头颈胸石膏固定2～3月。如果合并颈脊髓损伤，不宜使用石膏固定，可持续牵引2～3个月，直至愈合。
3、手术复位及固定术
牵引复位失败者可考虑切开复位。采用后正中切口，暴露交锁的小关节突，切除嵌入的关节囊和韧带组织，用骨膜剥离器撬拨使之复位;如有困难，可将阻碍复位的部分下位椎体的上关节突予以切除，再调整牵引方向，通常可复位。
4、若有脊髓损伤
应根据压迫范围旅行椎板切除减压术。为保持损伤节段的稳定，术中可用钢丝环扎棘突，并取自体髂骨移植。常用的植骨方法是棘突间“H”型植骨加钢丝固定。也有人采用关节突间植骨固定。