1.尿常规 约90%的患者可发现尿液异常，尿一般呈酸性。镜下脓尿和血尿最为常见，伴少量尿蛋白质。尿常规检查是早期筛选肾结核的重要线索。
2.尿涂片找结核菌 要取24h尿或晨间第1次尿沉淀物直接涂片，作抗酸染色找结核菌，连查3次，50%～70%的患者可查到结核菌。但需注意，若涂片阳性，也不能完全确定，因耻垢杆菌或其他耐酸杆菌可以污染尿液，从形态学上难以与结核分支杆菌区别，导致假阳性。尤其不能依靠1次阳性结果来诊断。故收集尿液标本时应将外阴及尿道口洗净避免污染，检查前1周应停用所有抗结核药物，以提高尿检的阳性率。
3.尿结核菌培养 是诊断肾结核的重要依据，并可进行细菌耐药性监测。一般认为晨尿标本优于24h尿，因晨尿易于收集且污染机会较少。但由于结核菌向尿中排泄是间隙性的，故在应用抗结核治疗前至少留3天晨尿做结核菌培养，其阳性率可达80%～90%。有些学者提出收集6次晨尿培养更好。
4.免疫学方法 免疫学诊断是根据抗原抗体间的特异性反应原理，以检测血清及尿中的抗原、抗体、抗原抗体复合物，有助结核病的诊断。常用检测方法有放免测定法(RIA)及酶联免疫吸附试验(ELISA)。湖北医学院用ELISA测定结核菌抗体诊断肾结核，与病理诊断的符合率为82%，如果同时测定抗原和抗体阳性率可达96.5%，与结核菌培养接近。
5.尿道造影可显示尿道狭窄部位、长度及是否为多处狭窄。
6.经尿道活检，组织学检查可以确诊。