一、药物治疗：
1.吡喹酮：系一种广谱的抗蠕虫药物，对囊虫亦有良好的治疗作用。常用的剂量为120mg/kg，分6天(每天三次)口服。服药物囊虫可出现肿胀、变性及坏死，导致囊虫周围脑组织的炎症反应及过敏反应，有的患者还可出现程度不等的脑水肿，脑脊液压力与细胞数增高，严重者甚至发生颅内压增高危象。
2.丙硫咪唑，亦系广谱抗蠕虫药物。常用剂量为每日15-20mg/kg，连服10天。常见的毒副反应有皮肤瘙痒、荨麻疹、头昏、发热、癫痫发作和颅内压增高。
3.甲苯咪唑：常用的剂量为100mg，3次/d，连续三天，常见的毒副反应有腹痛、腹泻、皮肤瘙痒和头痛等。
为了减免抗囊虫治疗过程中在体内大量死亡所引起的过敏反应，一般均从小剂量开始，逐渐加量，如吡喹酮先从100mg，3次/d起用，如无不良反应，每次递增100mg，直至达到治疗剂量时再持续用6天后停用。在出现颅内压增高的症状后应及时用甘露醇等脱水药物治疗，还应酌情并用类固醇激素等。如发生严重颅内增高，除及时停用抗囊虫药物及脱水、抗过敏处理外，还可应用颞肌下减压术，以防止颅内压增高危象。
二、手术治疗：确诊为脑室型者应手术治疗。其次，对颅内压持续增高，神经体征及CT证实病灶甚局限的患者亦可考虑手术治疗。
三、驱绦虫治疗：对肠道仍有绦虫寄生者，为防止自身再次感染，应行驱绦虫治疗。常用的药物为灭绦灵(氯硝柳胺)，2克，嚼碎后一次吞服，服药后3-4小时应予泻药一次以排出节片及虫卵。
四、中医中药治疗肠道绦虫，空腹服南瓜子仁粉50-90克，2小时后服槟榔煎液(槟榔片80克加水500ml煎至150-200ml)再过半小时服50%硫酸镁50-60ml。一般三小时内即可排出虫体。
