嗜热放线菌属(thermophilic actinomyces)是本病的主要病原菌(包括许多亚型)。国际上多以干草小多孢菌(micropolyspore Faeni)作为标准菌种。此外，常见的还有普通嗜热放线菌(thermoactinomyces Vulgaris)、白色嗜热放线菌(thermoactinomyces candidus)、绿色嗜热单孢菌(thermoactinomyces viridis)。在我国的患者中调查又发现了热吸水链霉菌(streptomyces thermohygroscopicus)是最常见的病原体，并经动物实验反复验证其亦是农民肺的致病菌。
嗜热放线菌在自然界分布甚广，谷物或稻草(包括甘蔗渣、蘑菇渣、土豆渣以及室内安装的湿化器或空调器内的灰尘)等潮湿发霉，草堆内温度可达40℃～60℃，湿度达45%以上，这是此类“嗜热”放线菌生长的有利条件。
