农民肺应与下列疾病相鉴别：
1.感冒 农民肺急性发病时缺乏上呼吸道症状，结合数小时前接触抗原史不难判断。
2.肺炎 一般细菌性肺炎不难排除。但应与寄生虫、药物过敏以及过敏性肉芽肿性血管炎等过敏性肺炎相区别。
3.肺结核 慢性农民肺病变长期存在，易误为结核病，但后者呈慢性过程，痰内找到结核菌、抗结核治疗有效。
4.慢性支气管炎 反复发作的慢性农民肺患者可有慢性咳嗽、咳痰表现(据调查江南农村的“慢性支气管炎”患者中有20%实为慢性型农民肺)，特别晚期也可合并慢性支气管炎，但结合抗原接触史及血清免疫学检查可区别。
5.支气管哮喘 如前述约10%的农民肺可发生哮喘样症状，但喘息较轻，且全身症状较明显，结合病史、免疫学检查和X线胸片表现可鉴别。
6.特发性肺间质纤维化 农民肺晚期可呈现肺间质纤维化，但结合病史和免疫学检查或肺活组织检查可区别。
农民肺晚期可并发肺源性心脏病，但与慢性阻塞性肺疾病引起的肺心病不同，缺乏肺气肿对心脏区的遮盖，肺动脉瓣、心尖区杂音特别响亮，易误为心瓣膜疾病。超声学检查可鉴别。
