1.先天性无阴茎畸形
本病是因生殖结节发育不全所致。此种患者除无阴茎外，还可能合并其他泌尿生殖器直肠与肛门心血管系统以及下肢畸形。对于能够成活下来的患者来说，最好的治疗方法是转归为女性其手术包括睾丸切除及外阴成形等。
2.隐匿阴茎畸形
本病多见于肥胖体型的人(阴囊肿大造成者除外)。患者常因肥胖导致阴茎发育异常，出现包茎及阴茎发育短小等症除影响排尿外，对性生活影响也较大。其治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时可实施阴茎成形术并辅以内分泌治疗。儿童患者应尽量在青春期前完成手术。
3.双阴茎畸形
本症是因胚胎期阴茎始基发育障碍所引起的，常合并其他畸形，如双膀胱双直肠以及肛门脊柱等部位的畸形。治疗单纯性双阴茎畸形比较简单，可保留较粗壮的一侧而将另一侧切除。
4.小阴茎畸形
患小阴茎畸形的患者其第二性征发育多较差阴茎多存在勃起障碍，严重者甚至还有排尿困难。治疗此类患者可依下列原则进行：
(1)首先解除患者的排尿困难应尽早实施尿道整形术。
(2)进行内分泌治疗，雄性激素开始使用的时间越早其治疗效果越好。
(3)在必要的情况下，可进行小阴茎增大整形术或改变性别的手术。
5.大阴茎畸形
大阴茎畸形者的阴茎长度和直径均较正常者大。大阴茎畸形患者还常常合并内分泌系统的其他疾病。治疗这种患者一般是采用部分切除阴茎海绵体的缩小手术。
6.蹼状阴茎畸形
蹼状阴茎，是指阴茎皮肤全长附着于阴囊而使阴茎无法勃起并影响排尿的一种畸形，一些患者还合并尿道下裂或性别畸形。可根据具体情况选择阴茎成形术或尿道下裂修补术进行治疗。
7.阴茎的弯曲畸形
本病患者的主要症状是阴茎弯曲。同时伴有排尿及性生活障碍。其治疗方法主要是实施包括切除影响阴茎伸直组织在内的阴茎整形术。
8.包茎及包皮过长
这是临床最常见的男性生殖器先天性畸形。两种畸形的包皮虽然都覆盖阴茎，但是有包茎者其包皮不能翻至龟头以上。
9.尿道下裂与尿道上裂
尿道上裂是一种罕见的先天畸形，其发生原因亦不十分清楚，临床将其分为三型，即阴茎头型阴茎型及完全型(可伴有膀胱外翻)。对这类患者也应在学龄前期进行手术矫正，以防因并发症而使患者早夭。
10.阴囊的先天畸形
阴囊的先天畸形比较少见。其治疗方法为视情况选择不同的整形手术
11.睾丸的先天畸形
最常见的睾丸畸形主要是隐睾。其治疗方法主要有激素治疗和手术治疗。