真菌性肉芽肿属深部真菌感染，因此凡能引起深部组织感染的真菌，均可以是本病的致病菌，如新型隐球菌、曲霉菌、球孢子菌类球孢子菌、诺卡菌、放线菌、荚膜组织胞浆菌、芽坐菌分子孢子菌、念珠菌、波伊德霉样真菌、藻菌等，但以隐球菌、曲霉菌和放线菌多见。近年来，由于抗生素激素和免疫抑制剂在临床上广泛应用，器官组织移植手术推广，以及医务人员对真菌病认识的提高，真菌感染的发生率有增加趋势。在自然界中真菌分布很广泛，当人体抵抗力降低时，它们乘虚而入，可侵犯肺脑膜和脑、脊髓、皮肤、淋巴结、肠、肝脾、肾上腺等脏器等真菌入侵脑的方式，常先从呼吸道吸入，形成肺部病灶，再由肺经血行播散于全身器官和入颅，少数真菌(如曲霉菌、放线菌和芽生菌)可经头面部的口腔、鼻腔、鼻旁窦、眼眶、脊椎骨等处的病灶直接侵入中枢神经系统。