1.原发性肺皮炎芽生菌病 吸入孢子进入肺泡后被巨噬细胞吞噬，引起炎症反应包括多形核白细胞浸润，而后形成肉芽肿，均可表现为化脓性或化脓性肉芽肿性病变。在肺巨噬细胞内可见芽生菌酵母细胞，有肺炎实质性浸润、淋巴管炎及淋巴结炎。
2.皮肤型皮炎芽生菌病 好发于暴露部位如颜面、手、腕、下肢或皮肤黏膜交界区如口、咽、舌等处，也可位于非暴露部位。数周至数月后发展成溃疡性疣状肉芽肿，边缘高起1～3cm，界限清楚，结有紫色痂，常误诊为基底细胞癌，但边缘常有微脓肿。溃疡纤维化后形成瘢痕。溃疡中央活检常查不到菌而在活动边缘才可查到。
3.播散性皮炎芽生菌病 多数从肺，少数从其他部位通过血液循环播散至骨骼、脑等部位，消化道则很少累及。脊椎、肋骨、胫骨和股骨常累及，表现为骨髓炎、骨膜炎甚至化脓性关节炎，有疼痛和功能障碍。脑脓肿和脑膜炎、肝脾化脓性肉芽肿及前列腺炎等也常有发生。
对来自流行区的患者，尤其是用抗结核治疗无效者，就要结合真菌检查和肺部检查等帮助确诊。对其他50%的肺外型患者，尤其是慢性皮肤肉芽肿，可结合病理及真菌检查，帮助确诊。