转基因大豆和非转基因大豆的主要区别在于它们之间的基因组和育种方法。

首先，转基因大豆是指利用现代生物技术将某些生物的优良性状（如抗虫性、抗病性、耐旱性等）转移到其他生物上的一种育种方法。这种育种方法是在实验室里完成的，因此育种周期短，速度快，可以有效地培育出更适应市场需求的新品种。但是，这种转基因大豆可能存在潜在的生态风险和安全问题，可能会影响其长期的生态环境和人类健康影响。

相比之下，非转基因大豆的育种方法是传统的自然杂交育种方法。这种方法虽然周期长，但是能够保持大豆的原始性和生态平衡。同时，由于自然杂交育种方法不需要使用现代科技手段，所以这种方法受到的限制较少，可以培育出更多样化的品种。

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