内眼角长小肉球，眼睛不舒服可能是以下几种原因：

1. 慢性结膜炎：如果内眼角的小肉球是鲜红色的，且伴随着眼睛有分泌物、发痒、有烧灼感、异物感等症状，那么很可能是慢性结膜炎。这通常是由于不洁的眼部接触、过度使用眼睛或者感染引起的。

2. 结膜息肉：如果小肉球是白色的，且在眼睛里存在很长时间了，那么可能是结膜息肉。这可能是由于结膜受到刺激或者感染导致的。

3. 麦粒肿：如果小肉球伴随着疼痛、红肿和热的感觉，那么可能是麦粒肿。这通常是由于不注意卫生、过度疲劳或者感染导致的。

4. 翼状胬肉：如果小肉球是白色的，且在眼睛里存在很长时间了，那么可能是翼状胬肉。这可能是由于紫外线、空气污染或者遗传导致的。

针对以上原因，可以采取以下几种治疗方法：

1. 药物治疗：如果症状较轻，可以尝试使用抗生素眼药水、抗病毒眼药水、抗过敏眼药水等来缓解症状。

2. 手术治疗：如果症状较严重，可以考虑进行手术治疗，如激光手术、冷冻手术等。

3. 注意卫生：注意个人卫生，勤洗手，避免用手触摸眼睛，以免引起感染。

4. 避免刺激：避免过度使用眼睛，减少熬夜和长时间看电子屏幕的时间。

总之，内眼角长小肉球，眼睛不舒服的原因可能是多种多样的，需要根据具体情况进行治疗。建议及时就医，以便及时诊断和治疗。