巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种病变，这种疾病虽然是良性病变，但这个病灶会随时间变大从而渐渐侵蚀正常组织，造成卵巢组织不可逆的损害。一般来说内服药物或者外用药物对巧克力囊肿都没有什么效果，严重者需要手术处理。

1、一般B超监测到巧克力囊肿的时候，服药是不能控制和消除的，巧克力囊肿大于五厘米时建议手术治疗，因为囊肿如果太大会在腹腔内发生扭转。

2、如果小于五厘米，可以定期复查B超，看是否月经结束逐渐缩小。

3、一般来说巧克力囊肿是由于子宫内膜异位引起的病症，可以先从治疗子宫内膜异位着手治疗，看一下这样囊肿会不会变小。

4、就目前的医学手段来说，除了根治性手术外，暂时没有一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术其实都有相当高的复发率。保守型手术可以保留正常的卵巢与未育女性的生育功能。并加以药物辅助治疗。

5、不过每个患者个人身体状况不同，也有少部分患者采取中药的保守治疗使巧克力囊肿变小了，但是这个治疗时间是很漫长的，如果由于时间过长可能会导致巧克力囊肿长大而在腹腔内扭转。所以患者在治疗方法上也要注意取舍得当，不要过度在于手术的问题。

综上所述，巧克力囊肿不是一种“肿瘤”，而是“肿块”。它是子宫内膜异位的良性病变，建议如果药物治疗效果不明显或卵巢有较大包块的话，患者可以采用保守性手术，这样可以保留正常卵巢与生育功能。而且引起巧克力囊肿的病因尚不清楚，加上女性生理结构的复杂性，所以不能完全预防。