心肌炎：有报道流感病毒性肺炎可以并发心肌炎。由于感染引起心肌炎，所造成的心肌损害的轻重程度差别很大，临床表现各异，轻症患者无任何症状，而重症患者可发生心力衰竭、心源性休克甚至猝死。有些患者在病毒感染急性期之后发展为扩张型心肌病改变，可反复发生心力衰竭。
瑞氏综合征：是流感病毒感染时的一种严重并发症，是一种急性脑病和肝脏脂肪浸润综合征，常见于2～16岁的儿童。患病开始时患者出现恶心、呕吐，继而出现中枢神经系统症状，如嗜睡、昏迷。
继发性细菌性肺炎;最常见的病原菌是肺炎链球菌金黄色葡萄球菌或流感嗜血杆菌病人病情逐渐加重或在暂时的改善后临床症状进一步加重咳嗽咳脓痰并且出现肺部实变体征X 线发现肺部有片状和斑片状阴影。