日本血吸虫雌雄异体，常合抱在一起，寄生在门静脉系统，主要在人体肠系膜下静脉内。存活时间约4～5年，但长者可达10 年或以上。雌虫在肠壁黏膜下层末梢静脉内产卵，1条雌虫每天可产卵1000个左右。从粪便中排出的虫卵入水后，在适宜温度(25～30℃)下孵出毛蚴。毛蚴在水面下作直线活动，侵入中间宿主钉螺，在螺体内发育，经过母胞蚴和子胞蚴两代发育繁殖，约7～8周后即有尾蚴不断逸出，每天数十条至百余条不等。尾蚴尾部分叉，随水流在水面浮游。当人、畜接触疫水时，尾蚴很快(短至10s)从皮肤或黏膜侵入，侵入体内的童虫随血流经肺而终达肝脏，发育至15～16天，开始雌雄合抱，约1个月左右在肝内发育为成虫，逆血流移行至肠系膜下静脉的末梢血管内产卵，完成其生活史。
日本血吸虫生活史中，人是终宿主，钉螺是必需的惟一中间宿主。日本血吸虫在自然界有广泛的动物贮存宿主，家畜如牛、猪、羊、狗、猫等。以及各种野生动物如鼠等，共40多种，均可成为它的终宿主。