选择做血、尿、便、常规、生化及电解质检查。
1.X线检查 包括腹部透视、腹部平片和消化道钡剂造影。
(1)腹部透视和腹部平片：有时可见胆囊内积气，是诊断十二指肠内瘘的间接依据，但要与产气杆菌引起的气性胆囊炎相鉴别。十二指肠肾盂(输尿管)瘘时，腹部平片可见肾区有空气阴影和不透X线的结石(占25%～50%)。
(2)消化道钡剂造影：消化道钡剂造影能提供内瘘存在的直接依据，可显示十二指肠内瘘瘘管的大小、走行方向、有无岔道及多发瘘。
①上消化道钡剂造影：可见影像有：
A.胃十二指肠瘘，胃幽门管畸形及与其平行的幽门管瘘管。
B.十二指肠胆囊瘘，胆囊或胆道有钡剂和(或)气体，瘘管口有黏膜征象。以前者更具诊断意义。此外，胆囊造瘘时不显影也为间接证据之一。
C.十二指肠结肠瘘，结肠有钡剂充盈(图1)。
D.十二指肠胰腺瘘，钡剂进入胰腺区域。
②下消化道钡剂灌肠：可发现钡剂自结肠直接进入十二指肠或胆道系统，对十二指肠结肠瘘的正确诊断率可达90%以上。做结肠气钡双重造影，可清楚地显示瘘管的位置，结合观察显示的黏膜纹，有助于鉴别十二指肠结肠瘘、空肠结肠瘘、结肠胰腺瘘和结肠肾盂瘘。
(3)静脉肾盂造影：十二指肠肾盂(输尿管)瘘病人行此检查时，因病肾的功能遭到破坏，常不能显示瘘的位置，但从病肾的病变可提供瘘的诊断线索;并且治疗也需要通过造影来了解健肾的功能，所以仍有造影的意义。
2.超声、CT、MRI检查 可从不同角度、不同部位显示肝内外胆管结石及消化道病变的部位、范围及胆管的形态学变化，而对十二指肠内瘘的诊断只能提供间接的诊断依据。如胆道积气、结肠瘘浸润十二指肠等。
3.ERCP检查 内镜可直接观察到十二指肠内瘘的瘘口，同时注入造影剂，可显示瘘管的走行、大小等全貌，确诊率可达100%，是十二指肠内瘘最可靠的诊断方法。
4.内镜检查
(1)肠镜检查：可发现胃肠道异常通道的开口，并作鉴别诊断。十二指肠镜进入十二指肠后见黏膜呈环形皱襞，柔软光滑，乳头位于十二指肠降段内侧纵行隆起的皱襞上，一般瘘口位于乳头开口的上方，形态多呈不规则的星状形，无正常乳头形态及开口特征。当瘘口被黏膜覆盖时不易发现，但从乳头开口插管，导管可从瘘口折回至肠腔，改从乳头上方瘘口插管，异常通道显影而被确诊，此时将镜面靠近瘘口观察，可见胆汁或其他液体溢出。内镜下十二指肠内瘘应注意与十二指肠憩室相鉴别，憩室也可在十二指肠乳头附近有洞口，但边缘较整齐，开口多呈圆形，洞内常有食物残渣，拨开残渣后能见到憩室底部，导管向洞内插入即折回肠腔，注入造影剂可全部溢出，同时肠道内可见到造影剂，而无异常通道显影。一组资料报道47例胆总管十二指肠内瘘，同时合并十二指肠憩室5例，有1例乳头及瘘口均位于大憩室的腔内，内镜检查后立即服钡剂检查，证实为十二指肠降段内侧大憩室。纤维结肠镜检查对十二指肠结肠瘘可明确定位，并可观察瘘口大小，活组织检查以确定原发病灶的性质，为选择手术方式提供依据。
(2)腹腔镜检查：亦可作为十二指肠内瘘诊断及治疗的手段，且有广泛应用前景。
(3)膀胱镜检查：疑有十二指肠肾盂(输尿管)瘘时，此检查除可发现膀胱炎征象外，尚可在病侧输尿管开口处看到有气泡或脓性碎屑排出;或者经病侧输尿管的插管推注造影剂后摄片，可发现十二指肠内有造影剂。目前诊断主要依靠逆行肾盂造影，将近2/3的病人是阳性。
5.骨炭粉试验 口服骨炭粉，15～40min后有黑色炭末自尿中排出。此项检查仅能肯定消化道与泌尿道之间的内瘘存在，但不能确定瘘的位置。