十二指肠瘘发生以后，病人是否出现症状，应视与十二指肠相通的不同的空腔脏器而异。与十二指肠相交通的器官不同，内瘘给机体带来的后果亦不同，由此产生的症状常因被损害的器官的不同而差异较大，如十二指肠胆道瘘是以胆道感染为主要病变，故临床以肝脏损害症状为主;而十二指肠结肠瘘则以腹泻、呕吐、营养不良等消化道症状为主。
1.胃十二指肠瘘 胃十二指肠瘘可发生于胃与十二指肠球部、横部及升部之间，几乎都是由于良性胃溃疡继发感染、粘连，继而穿孔破入与之粘连的十二指肠球部，或因胃穿孔后形成局部脓肿，继而破入十二指肠横部或升部。
胃十二指肠瘘形成后，对机体的生理功能干扰不大，一般多无明显症状，绝大部分病人都因长期严重的溃疡症状而掩盖了瘘的临床表现;少数病人偶尔发生胃输出道梗阻。
2.十二指肠胆囊瘘 症状颇似胆囊炎，如嗳气、恶心呕吐、厌食油类、消化不良，有时有寒战高热、腹痛，出现黄疸而酷似胆管炎、胆石症的表现。有时表现为十二指肠梗阻，也有因胆石下行到肠腔狭窄的末端回肠或回盲瓣处而发生梗阻，表现为急性机械性肠梗阻症状，如为癌症引起，则多属晚期，其症状较重，且很快出现恶病质。
3.十二指肠胆总管瘘 通常只出现溃疡病的症状，有少数可发生急性化脓性胆管炎而急诊入院。
4.十二指肠胰腺瘘 十二指肠胰腺瘘发生之前常先有胰腺脓肿或胰腺囊肿的症状，故可能追问出有上腹部肿块的病史。其次，多数有严重的消化道出血症状。手术前不易明确诊断。Berne和Edmondson认为消化道胰腺瘘具有3个相关的临床经过，即胰腺炎后出现腹内肿块及突然出现严重的胃肠道出血，应警惕内瘘的发生;腹内肿块消失之时，常为内瘘形成之日，这个经验可供诊断时参考。
5.十二指肠结肠瘘 良性十二指肠结肠瘘常有上腹部疼痛、体重减轻、乏力、胃纳增大，大便含有未消化的食物或严重的水泻。有的病人伴有呕吐，可闻到呕吐物中的粪臭。结合既往病史有诊断意义。内瘘发生的时间，据统计从1周到32周不等，多数(70%以上)病人至少在内瘘发生3个月才被确诊而手术。内瘘存在时间愈长，症状就愈突然，后果也愈严重。
先天性十二指肠结肠瘘最突出的症状是腹泻，往往自出生即出现，病史中查不到腹膜炎、肿瘤和腹部手术的有关资料。由于先天性内瘘在十二指肠一侧开口位置较低，而且内瘘远端不存在梗阻，故很少发生粪性呕吐与腹胀。如无并发症，则不产生腹痛。要注意与非先天性良性十二指肠结肠瘘的区别。
若为恶性肿瘤浸润穿破所造成的十二指肠结肠瘘，除了基本具备上述症状外，病情较重，恶化较快，常同时又有恶性肿瘤的相应症状。
6.十二指肠肾盂(输尿管)瘘 临床上可先发现有肾周围脓肿，即病侧腰痛，局部有肿块。疼痛向大腿或睾丸放射，腰大肌刺激征阳性。以后尿液可有气泡，或者尿液混浊，或有食物残渣，以及尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状。
如果有突然发生水样、脓性腹泻同时伴有腰部肿块的消失，往往提示内瘘的发生。此时腰痛减轻，也常有脱水及血尿。此外尚有比较突出的消化道症状，如恶心、呕吐和厌食。肾结石自肛门排出甚为罕见。未能得到及时治疗者呈慢性病容、乏力和贫血，有时可以引起明显的脓毒血症，病人始终有泌尿道的感染症状，有的病人有高氯血症的酸中毒。
宁天枢等曾报道1例先天性输尿管十二指肠瘘并发尿路蛔虫病，病人自4岁起发病到18岁就诊止，估计自尿道排出蛔虫达400条左右，该例经手术证实且治愈。原武汉医学院附属第一医院泌尿外科(1977)报道1例5岁男性右输尿管十二指肠瘘的病人，也有排蛔虫史。由于排蛔虫，首先想到的是膀胱低位肠瘘，很容易造成误诊。该例手术发现不仅右输尿管上段与十二指肠间有一瘘管，而且右肾下极1cm处有一交叉瘘管与十二指肠降部相通，实为特殊。故对尿路蛔虫病的分析，不能只局限于膀胱低位肠瘘的诊断。
十二指肠内瘘，术前诊断较为困难，因为大部分十二指肠内瘘缺乏特征性表现，漏诊率极高。姚杏荣报道10例胆囊十二指肠内瘘，术前诊断7例为胆囊炎、胆囊结石，3例诊断为肠梗阻。提高十二指肠内瘘的正确诊断率，应注意以下几个方面：
1.病史 正确详细的既往史、现病史是临床诊断的可靠信息来源，有下列病史者应考虑有十二指肠内瘘存在的可能。
(1)既往有反复发作的胆道疾病史，尤其是曾有胆绞痛、黄疸，后又突然消失的病人。
(2)既往彩超或B超提示胆囊内有较大结石，近期复查显示结石已消失，或移位在肠腔内。
(3)长期腹痛、腹泻、消瘦、乏力伴程度不等的营养不良。
2.辅助检查 十二指肠内瘘诊断的确定常需要借助影像学检查，如X线检查、彩超或B超、CT、MRI、ERCP等，能提供直接的或间接的影像学诊断依据，或内镜检查发现胃肠道异常通道的开口等即可明确诊断。