1.定性诊断：明确十二指肠外瘘的诊断临床不难，主要依据有：①近期有胃十二指肠或十二指肠附近的腹部手术或上腹部外伤。②有明确的腹腔或腹膜后感染症状如腹痛、腹部压痛与反跳痛和发热与白细胞升高。③有时可出现腹腔内出血④腹腔穿刺抽出黄色或草绿色的肠液。⑤腹腔引流管内引流出肠液，或发现刚刚进食的食物残渣。⑥病人口服亚甲蓝溶液、甲紫溶液和骨碳粉，可经腹腔引流排出。
2.定位诊断：明确十二指肠瘘的部位与引流情况是诊断的重要内容。影像学检查可提供相关依据直接经腹壁瘘口造影或与消化道造影常可明确肠瘘的部位与数量、瘘口的大小、瘘口与皮肤的距离、瘘口是否伴有脓腔及瘘口的引流情况，以及瘘口远近段肠管是否通畅。